倉庫から工場への用途変更は、床面積などの変更が無ければ確認申請手続きは必要ありません。
ただし、消防設備の変更などは発生しますので、消防の打ち合わせなどは必要です。

特に300㎡以上増築する場合などは、省エネ法が掛かってきて外壁断熱などが問題になるので注意が必要です。